本次调查发现，该市近海渔业资源常见物种有197种，海草床总面积为43.8公顷，珊瑚礁总面积为1775公顷；淡水水域共记录维管植物303种，其中野生稻和水蕨为国家二级重点保护植物，52种淡水鱼类中，花鳗鲡为国家二级重点保护野生动物，大型底栖动物229种；329种陆生脊椎动物中，细刺蛙、海南兔、脆皮大头蛙等13种动物为海南特有种。2014种维管植物中有53种热带雨林珍稀濒危植物和4种被列为国家二级保护植物的滨海植被。
“中国林业科学院热带林业研究所牵头，用了近一年的时间开展了全市生物多样性调查和保护规划编制，全面摸清三亚生物多样性的基本情况，为接下来精准保护打下基础。”三亚市生态环境局工作人员石挺孟说。
研究人员对近海渔业资源的调查发现，197种近海渔业资源常见物种中，含有青石斑等85种鱼类，春夏渔汛出现时偶尔还会引来中华白海豚等大型珍稀海洋生物前来觅食，据估算三亚近海渔业资源产量约为5000吨/年。此次调查新发现了两处海草床，新发现海草床上的海草种类为三亚新的记录种——喜盐草。
珊瑚礁资源是三亚保护最好的近海生物类群，本次调查新记录两个珊瑚礁分布区，共记录137种三亚近海珊瑚礁种类，珊瑚礁主要分布在保护区内和保护区外，保护区外的珊瑚以石珊瑚为主，调查海域内最大珊瑚直径为2米。
本次调查共发现13种陆栖脊椎动物为海南特有种，共记录到27种两栖类动物，占海南的58.7%。海南溪树蛙、脆皮大头蛙等5类蛙类占海南特有蛙类总数的35.7%，他们主要分布在热带雨林次生林溪流生境，进一步说明三亚热带雨林保持相对较好。
此次调查共记录三亚206种鸟类，占海南鸟类总数的46.5%，其中6种为国家一级重点保护鸟类、34种为国家二级重点保护鸟类，中部山地热带林灌鸟类和沿海湿地鸟类为三亚比较具有特色的优势的鸟类资源，海南山鹧鸪、海南孔雀雉、海南柳莺和海南画眉为三亚记录的海南特有鸟类。三亚35种哺乳纲动物中，海南兔、豹猫、赤腹松鼠等为三亚湿地分布的重要经济哺乳动物。
本次调查发现三亚植被类型主要为热带雨林和热带季雨林，长有琼南地区特有的海南苏铁、囊瓣木、海南榄仁、海南栲等，分布有无翼坡垒、海南龙眼、蝴蝶树、疣粒野生稻等海南代表珍稀物种。热带雨林植被主要为热带低地雨林，主要沿着三亚北部边界线呈东西方向分布，植物主要有厚皮树、白肉榕、黄杞、青梅等；三亚有39种红树林优势群系，分布面积较大的群系有正红树群系、榄李+角果木群系、榄李群系、正红树+无瓣海桑群系等，主要分布在三亚河—临春河、榆林港和青梅港等。
本次调查显示，三亚珍稀濒危植物有57种，其中兰科数量最高，有20种，主要有墨兰、冬凤兰等。目前三亚确定的古树名木有1182棵，35种古树名木300年以上的有58株，树种主要有酸豆、木棉、见血封喉等。
